Joseph Hubertus Pilates sa narodil v roku 1883 v Nemecku. Jeho chatrné zdravie v mladosti, správanie jeho vrstovníkov a hlavne jeho silná vôľa bojovať proti osudu ho viedli na cestu fitnes a zdravého životného štýlu. Vo veľmi mladom veku sa začal venovať štúdiu anatómie, východným meditačným i západným štýlom cvičenia, bojovým umeniam, bol uchvátený grécko-rímskou tradíciou pestovania tela.

V r.1912 Joseph odišiel do Anglicka, stal sa boxerom, pracoval tam ako artista aj ako tréner sebaobrany v službách polície. Po vypuknutí I. svetovej vojny bol internovaný s ostatnými Nemcami do tábora v Lancasteri. Učil tam kolegov svoju sériu cvičení, v ktorej spojil kontrolu dýchania a vizualizáciu s pohybom pre zvýšenie pevnosti a pružnosti. Pravdepodobne toto boli začiatky rozvoja systému cvičenia, ktorý nazval “Contrology”.

Neskôr na ostrove Man pracoval ako nemocničný zriadenec, pomáhal rehabilitovať pacientov, ktorí utrpeli rôzne devastačné zranenia alebo boli nemobilní. Využíval na to zariadenia, ktoré vyrobil z nemocničných postelí, nábytku a pomôcok. Hovorí sa, že počas veľkej chrípkovej epidémie v roku 1918 nikto z jeho nasledovníkov chrípke nepodľahol, aj keď tábory boli postihnuté najviac.

Po vojne sa vrátil do Nemecka a pokračoval v priekopníckom jedinečnom prístupe k budovaniu fyzickej zdatnosti. Nemecká vláda požiadala Joa Pilatesa, aby trénoval nemeckú armádu, ale Pilates nebol nadšený so smerovaním politiky Nemecka a rozhodol sa radšej emigrovať do Spojených štátov.

V New Yorku v r.1926 so svojou manželkou Clarou, s ktorou sa zoznámil na ceste loďou do Ameriky, založil prvé štúdio Pilates na 8th Avenue, NY. Štúdio Pilates, obklopené ďalšímí telocvičňami a tanečnými štúdiami, sa stalo centrom pre budovanie sily, rovnováhy, rehabilitačným strediskom pre zranených tanečníkov. Medzi nadšencov jeho metódy patrili mnohé významné tanečné hviezdy toho obdobia ako George Ballanchine, Hany Holm a Martha Graham.

Pilates navrhol sériu viac ako 500 cvičení so zámerom vytvoriť silné, pružné svaly bez pridania objemu.Jeho revolučný „Mind-Body“ prístup zdôrazňuje dýchanie a „Powerhouse“ silu, ktorá zabezpečuje zlepšenie držania tela a zníži stres a riziko poranenia. Jeho metóda podporuje obnovenie tela, účinnosť pri pohybe, rovnováhu a využitie prúdenia energie. Svoj filozofický prístup k cvičeniu a cvičebný systém popísal v dvoch publikáciách Your Health (1934) a Return to Life Through Contrology (1945).

V januári 1966 došlo k požiaru v štúdiu a Joe utrpel zranenie. Predpokladá sa, že tento incident priamo viedol k jeho smrti v októbri 1967, vo veku 87 rokov. Clara, vynikajúca učiteľka, aj naďalej učila a viedla štúdio až do svojej smrti o 10 rokov neskôr, v roku 1977. Po nej prevzala činnosť Romana Kryzanowska, ktorá venovala svoj život k výučbe Pilatesovej metódy, tak ako ju on vytvoril.